他經常辨識天主在他身上的旨意,並於1545年到了馬六甲繼續他的傳教事功,他在城中工作並學習馬拉文,永不言倦。接著的幾年,馬六甲成了他往來Moluccas 、日本和中國傳教的落腳地。
1546年方濟各離開馬六甲到了印尼的Moluccas宣講,直至1547年,之後回到馬六甲,用了兩年時間準備前往日本。1549年,他開始了他的日本之旅,在幾個城裏宣講,不少人成了基督徒。當他離開日本時,他寫信給依納爵說:「無論怎樣辛苦,在日本的使徒工作必會有收成,因為這個國家的民心性近基督的道。」他在山口(Yamaguchi)為一個病人付了洗,此人後來成了日本第一位耶穌會士。 1552年9月,方濟各乘坐葡萄牙船"Santa Cruz"號抵達上川島。他在海邊用竹和草蓆蓋了一間小聖堂,當葡萄牙人離開時他留在島上,希望能深入中國,並到首都北京傳教,可是在這期間他患了重病,並於1552年12月3日黎明時分,在海邊的小屋內回歸天鄉。當他說出他的最後一句話:「主啊!我全心信賴你!」的時候,他的雙目定必注視著彼岸隱沒在雲霧裏的中國山巒。